個人事業主のふるさと納税・確定申告のやり方｜必要書類と入力箇所

確定申告をする個人事業主は、その年のふるさと納税を寄附金控除として申告します。ワンストップ特例を申請した寄付も含め、証明書をそろえて入力するのが基本です。

この記事は2026年9月11日に確認できる国税庁の案内に基づいています。2026年中の寄付は2026年分の申告対象ですが、確認時点で公開されている申告画面の案内は令和7年分です。実際の申告では対象年の画面・手引きを使ってください。

先に必要書類をそろえる

通常の事業の確定申告資料に加えて、寄付を証明する書類を準備します。自治体ごとの寄附金受領証明書の代わりに、国税庁が指定する事業者の「寄附金控除に関する証明書」を使う方法もあります。国税庁「寄附金控除に関する証明書等」

用意するもの	使う場面
寄附金受領証明書、または年間証明書	寄付日・寄付先・金額の確認
青色申告決算書または収支内訳書	事業所得の申告
社会保険料などの控除資料	寄附金控除以外の所得控除
e-Taxの本人確認に必要なもの	マイナンバーカードなど利用方式に応じて準備

年間証明書は、その事業者を通じた寄付をまとめたものです。複数サイトや自治体窓口で寄付した場合、1枚ですべてをカバーできるとは限りません。寄付先と金額の一覧を作り、証明書の対象外になっている寄付がないか照合します。

手順1：事業所得とほかの控除を入力する

帳簿を整理し、青色申告決算書または収支内訳書を作成します。事業所得は収入と必要経費から計算するため、ふるさと納税を入力する前に通常の決算作業を進めておきます。国税庁「収入金額等、所得金額を計算する」

勘定科目は「寄附金」なら何でも経費、ではない

個人として行うふるさと納税は、事業の経費にして所得を減らすものではありません。個人の寄附金控除として扱います。国税庁の必要経費の説明でも、業務上の費用と家事上の費用は区別されています。国税庁「必要経費の知識」

事業用口座から支払ったときは、一般に「事業主貸」など、個人の支出として区分する処理が使われます。これは国税庁が会計ソフト共通の科目を指定しているという意味ではありません。使っている帳簿や会計ソフトでの処理は、税理士や製品の案内で確認してください。

青色申告の要件は別に満たす

ふるさと納税を入力しても、青色申告特別控除の要件が自動で満たされるわけではありません。必要な帳簿・決算書と提出期限を確認します。国税庁「青色申告制度」

寄付額の見込みを決める段階なら、個人事業主のふるさと納税限度額で売上と所得の違いを先に確認できます。

手順2：e-Taxの「寄附金控除」から入力する

国税庁の確定申告書等作成コーナーでは、所得控除の入力画面から寄附金控除へ進みます。画面名や配置は年分によって変わるため、最新の操作案内を参照してください。e-Tax「寄附金控除を入力したい」

証明書を見ながら入力する場合は、寄付日・寄付先・金額を転記します。寄付額を尋ねる欄で、先に自分で2,000円を引かないようにしてください。寄付金額と、そこから計算する控除額は別の数字です。

マイナポータル連携に対応している場合は、証明書のデータを取得して自動入力できます。発行元の対応と事前準備が必要です。国税庁「マイナポータル連携で自動入力」

取り込んだ寄付を手入力でも追加すると重複します。取り込み後に一覧を見て、未反映の寄付だけを補います。年間証明書と自治体ごとの証明書を併用するときも、同じ寄付を2回数えていないか確認しましょう。

手順3：住民税の欄にも反映されているか見る

送信前に、作成された申告書の寄付先・寄付金額を証明書と照合します。所得税の寄附金控除だけでなく、第二表の住民税に関する事項も確認してください。

国税庁は、住民税側の「都道府県、市区町村への寄附（特例控除対象）」欄への記載を求めています。ここが記載されていないと、住民税で控除されないことがあります。紙で作成する場合も、対象の欄を落とさず記入します。国税庁「ふるさと納税（寄附金控除）」

手順4：送信結果と控えを保存する

入力が終わっただけでは申告は完了していません。e-Taxで送信したら、受信通知を確認し、申告書の控えや使用した証明書を保存します。証明書の添付・提出省略・保管の扱いは、紙での提出か電子送信かによって異なるため、その年分の提出案内に従ってください。

翌年度の住民税通知書が届いたら、寄附金税額控除が反映されているか確認します。所得税の還付と住民税の減額を別々に見るため、還付額だけで「控除が足りない」と判断しないようにしましょう。

ワンストップ特例を申請した後でも全寄付を申告する

個人事業主という職業名だけでワンストップ特例が一律に禁止されるわけではありません。ただし、事業所得などの確定申告をする年は特例を使えず、申請済みの分も含めて申告します。国税庁「ふるさと納税をされた方へ」

すでに提出した確定申告から寄付を漏らした場合は、更正の請求ができる場合があります。寄附金控除を加えても所得税額が変わらない場合は手続きが異なるため、住民税についてお住まいの自治体へ相談してください。国税庁「ふるさと納税（寄附金控除）」

申告前は、寄付一覧と証明書を1件ずつ照合することから始めましょう。全体の手続きはふるさと納税の確定申告ガイドでも確認できます。

最終確認：2026年9月11日。個別の税額計算や帳簿処理は税理士・税務署へ、住民税の反映は自治体へ確認してください。